【2026年度版】害獣駆除の費用は確定申告で経費・雑損控除にできる？個人事業主・法人・会社員別の勘定科目と仕訳例

野生鳥獣による農作物被害は年々深刻さを増しており、農林水産省の最新データによると、令和6年度（2024年度）の被害金額は188億円（前年度比+24億円）に達しています。シカによる被害が79億円、イノシシが45億円と上位を占めており、住宅近郊に生息するハクビシン・アライグマ・イタチなどによる屋根裏・壁内への侵入被害も後を絶ちません。

こうした状況を受け、「害獣駆除にかかった費用を確定申告で取り戻せないか」と考える方が増えています。結論から言えば、一定の要件を満たせば雑損控除として確定申告でき、税負担を減らせる可能性があります。また、会社員（給与所得者）でも適用できる制度です。

なお、令和8年度（2026年度）税制改正においても、雑損控除の制度内容に変更はありません（財務省・令和8年度税制改正大綱）。本記事の内容は2026年度の税制に対応しています。

「害獣駆除にかかった費用は確定申告で経費にできる？」「勘定科目は何を使えばいい？」——害獣駆除の費用は、条件を満たせば確定申告で税金の控除を受けられる可能性があります。

この記事では、害獣駆除費用が経費や控除の対象になるケース、雑損控除の仕組みと計算方法、勘定科目の選び方と仕訳例、コウモリ・ネズミなど動物別の扱い、確定申告に必要な書類と具体的な記入例まで徹底解説します。

※この記事は一般的な税務情報の解説であり、個別の税務判断については必ず税理士や最寄りの税務署にご確認ください。

【最初に確認】あなたが使える節税制度はどれ？対象者別早見表

害獣駆除の費用は、あなたの立場によって使える税制度が変わります。下表でまずご自身が該当するパターンを確認してから、本文の該当章をお読みください。

※ 制度の根拠条文：所得税法72条（雑損控除）、所得税法37条（必要経費）、法人税法22条（損金）。最新の情報は国税庁「No.1110 災害や盗難などで資産に損害を受けたとき（雑損控除）」もあわせて確認してください。

害獣駆除の費用は経費・控除の対象になる？

害獣駆除にかかった費用が経費や控除の対象になるかどうかは、あなたの立場によって異なります。以下の表で確認してみてください。

立場	控除・経費の種類	対象になるか
会社員（給与所得者）	雑損控除	◎ 条件を満たせば可能
個人事業主（自宅兼事務所）	必要経費＋雑損控除	◎ 事業割合に応じて経費計上可能
法人	修繕費・雑費	◎ 全額経費計上可能
賃貸の入居者	—	△ 原則は大家負担のため対象外

害獣駆除の費用は決して安くありません。害獣駆除の費用相場は、動物の種類や被害の程度によって5万〜30万円以上になることもあります。だからこそ、確定申告で少しでも取り戻せるかどうかは重要なポイントです。

雑損控除とは？

雑損控除（ざっそんこうじょ）は、自然災害・盗難・害虫被害などで資産に損害を受けた場合に、所得税の控除を受けられる制度です。害獣による被害も「害虫その他の生物による異常な災害」に該当し、駆除費用が控除の対象になります。

国税庁の公式ページ（No.1110 災害や盗難などで資産に損害を受けたとき（雑損控除））にも、害虫等による被害が雑損控除の対象であることが明記されています。

対象となる費用

• 害獣の駆除費用
• 侵入口の封鎖工事費
• フン清掃・消毒費用
• 被害を受けた建材の修繕費用
• 被害の原状回復に必要な費用

対象にならない費用

• 予防目的のみの施工（被害が発生していない場合）
• 家財の買い替え費用
• 精神的苦痛に対する慰謝料

なお、害獣被害を受けた場合は火災保険が使える場合もあります。火災保険でカバーされた金額を差し引いた自己負担分が、雑損控除の対象になります。

予防 vs 駆除の線引き具体例

雑損控除は「被害発生後の駆除・修繕費用」が対象であり、被害が起きる前の予防目的の費用は原則として対象外です。

実務でよく迷うケースを整理すると：

費用の種類	対象の目安
害獣が発生した後の駆除費用	○（対象）
害獣が侵入して破損した箇所の修繕費用	○（対象）
被害発生前の予防的駆除（定期点検契約など）	×（対象外）
業者の定期巡回契約料（予防目的）	×（対象外）
被害箇所の封鎖・防鼠ネット設置（修繕の一環）	△（要判断）
忌避剤の散布（被害発生後の再発防止）	△（要判断）

△の「要判断」ケースは、すでに被害が確認された箇所の補修として行うのか、純粋な予防として行うのかによって扱いが変わる可能性があります。最終的な判断は税務署または税理士にご確認ください。

雑損控除の計算方法

雑損控除の金額は、以下の2つのうち多い方が適用されます。

計算式A：（損害金額＋災害関連支出）−（総所得金額×10%）

計算式B： 災害関連支出 − 5万円

計算例：害獣駆除に20万円かかった場合

項目	金額
年収（総所得金額）	400万円
害獣駆除費用（災害関連支出）	20万円
建材の修繕費（損害金額）	30万円
計算式A：（30万＋20万）−（400万×10%）	50万−40万＝10万円
計算式B： 20万−5万	15万円
適用される控除額（多い方）	15万円

この場合、所得から15万円が控除されます。所得税率が20%の人なら、15万円×20%＝約3万円の税金が還付されます。

害獣駆除費用の勘定科目は？（個人事業主・法人別）

確定申告で害獣駆除の費用を経費に計上する場合、どの勘定科目を使えばよいかで迷う方が多いです。ここでは個人事業主と法人に分けて解説します。

個人事業主の場合

自宅を事務所としても使用している個人事業主は、害獣駆除費用を事業用割合に応じて必要経費に計上できます。

勘定科目	使用する場面	使い分けのポイント
修繕費	害獣被害の原状回復・建材の修繕	建物の価値を元に戻す工事に使用。最も一般的
雑費	駆除業者への支払い（少額の場合）	10万円未満の少額な駆除費用に使用
外注費	駆除業者への支払い（高額の場合）	業者への作業委託費用として計上する場合
衛生費	フン清掃・消毒費用	清掃・消毒が主な作業の場合

使い分けの目安：害獣による建材の損傷を修繕する費用は「修繕費」、駆除作業そのものの費用は「雑費」または「外注費」を使うのが一般的です。迷った場合は「修繕費」が最も無難です。

仕訳例：駆除費用20万円、事業使用割合30%の場合

【事業経費分】
修繕費 60,000円 ／ 普通預金 60,000円
（摘要：害獣駆除費用・事業按分30%）

【残り14万円は雑損控除の対象として確定申告書で申告】

法人の場合

法人の場合は、害獣駆除費用を全額損金（経費）として計上できます。個人のような雑損控除の計算は不要です。

勘定科目	使用する場面
修繕費	建物の原状回復に関わる費用（最も一般的）
雑費	少額の駆除費用（10万円未満が目安）
外注費	駆除業者への業務委託費用
建物付属設備	侵入防止のための大規模工事（資本的支出に該当する場合）

法人の仕訳例：駆除費用25万円を振込で支払った場合

修繕費 250,000円 ／ 普通預金 250,000円
（摘要：ネズミ駆除および侵入口封鎖工事・○○駆除業者）

注意点：30万円を超える大規模な侵入防止工事は「資本的支出」（建物の価値を高める支出）として資産計上が必要になる場合があります。判断が難しい場合は税理士にご相談ください。

コウモリ駆除・ネズミ駆除は確定申告でどう扱う？

「コウモリ駆除の費用も確定申告で控除できるの？」「ネズミやシロアリの場合は？」という疑問をお持ちの方も多いです。結論から言うと、動物の種類に関わらず、害獣・害虫被害の駆除費用は雑損控除の対象になります。

動物別の扱いまとめ

動物	雑損控除の対象	補足
コウモリ	◎ 対象	フン被害・天井裏の汚損は「生物による災害」に該当
ネズミ	◎ 対象	配線の咬害・食害・建材損傷が対象
イタチ・ハクビシン	◎ 対象	天井裏の営巣被害・断熱材の損傷が対象
アライグマ	◎ 対象	農作物被害・建物損傷が対象
シロアリ	◎ 対象	木材の食害被害は「害虫による災害」に該当
ハチ（スズメバチ等）	◎ 対象	巣の駆除費用が対象。予防のみの場合は対象外

コウモリ駆除で確定申告する場合のポイント

コウモリ駆除は、駆除費用だけでなくフン清掃・消毒費用や侵入口封鎖工事も合わせて申告できます。コウモリのフンには感染症のリスクがあるため、消毒費用は「災害関連支出」として認められます。

たとえば、コウモリ駆除15万円＋フン清掃5万円＋侵入口封鎖3万円＝合計23万円の場合、23万円全額が災害関連支出として計算に含められます。

ネズミ駆除で確定申告する場合のポイント

ネズミ被害では、駆除費用に加えて電気配線の修繕費用も控除対象になります。ネズミに配線をかじられると漏電や火災のリスクがあるため、その修繕は原状回復費用として認められます。

ハクビシン・アライグマ・イタチの駆除費用は雑損控除の対象？

「ハクビシン」「アライグマ」「イタチ」など、屋根裏や床下に侵入する中型害獣の駆除費用についても、雑損控除の対象になり得ます。

国税庁タックスアンサーNo.1110では、雑損控除の対象となる損害の種類として「害虫などの生物による異常な災害」が明記されています。この「害虫などの生物」には、シロアリや害虫に限らず、ハクビシン・アライグマ・イタチなどの害獣も含まれると解釈されています（税理士による解説も同趣旨）。

各害獣の主な被害と控除適用の考え方：

• ハクビシン：天井裏への侵入・糞尿による構造物の損傷。修繕費を含む駆除費用が対象になり得ます。
• アライグマ：断熱材の破損・配線への接触など。駆除費用・修繕費の合計で申告を検討できます。
• イタチ：壁内や屋根裏での営巣による建材の損傷。同様に駆除・修繕費用が対象の候補となります。

なお、適用できるかどうかは被害の程度や費用の性質によって判断が異なります。個別の税務処理は税理士または最寄りの税務署にご確認ください。

各害獣の駆除業者選びや費用相場については、以下の記事も参考にしてください：

• アライグマ駆除の業者選びと費用相場
• ハクビシン・イタチ駆除の業者比較
• イタチ駆除の費用と業者選び

確定申告の具体的な記入例

ここでは、コウモリ駆除に23万円かかったケースを例に、確定申告書の記入方法を具体的に解説します。

ケース：年収450万円の会社員がコウモリ駆除に23万円支払った場合

ステップ1：雑損控除の計算

• 損害金額（建材の汚損）：10万円
• 災害関連支出（駆除・清掃・封鎖費用）：23万円
• 総所得金額：450万円

計算式A：（10万＋23万）−（450万×10%）＝33万−45万＝マイナスのため0円

計算式B：23万−5万＝18万円

→ 多い方の18万円が雑損控除額

ステップ2：確定申告書への記入

記入欄	記入内容
確定申告書 第一表「雑損控除」欄	180,000
雑損失の明細書「損害の原因」	害獣（コウモリ）による被害
雑損失の明細書「損害を受けた資産」	自宅建物（天井裏・外壁通気口）
雑損失の明細書「災害関連支出の金額」	230,000
雑損失の明細書「損害金額」	100,000
雑損失の明細書「保険金等で補てんされた金額」	0（火災保険を使っていない場合）

ステップ3：還付額の目安

所得税率20%の場合：18万円×20%＝約36,000円が還付

住民税も合わせると、さらに18万円×10%＝18,000円の減額も見込めます。つまり、合計で約54,000円の税負担軽減になる可能性があります。

確定申告書の作成は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（e-Tax）を使えば、画面の指示に従って入力するだけで自動計算されます。

確定申告に必要な書類

書類	入手先	用途
確定申告書	国税庁HP・税務署	申告書の提出
雑損控除に関する明細書	国税庁HP・税務署	損害の内容・金額を記載
駆除業者の領収書	業者から受領	支出の証明
見積書・作業報告書	業者から受領	作業内容の証明
被害状況の写真	自分で撮影	被害の証拠
修繕費の領収書	工務店等から受領	修繕費用の証明

最も重要なのは「領収書」と「作業報告書」です。業者に依頼する際は、必ずこの2点を発行してもらいましょう。領収書には「害獣駆除費用」と明記してもらうのがポイントです。

信頼できる業者なら書類対応もスムーズです。害獣駆除業者おすすめ5選では、領収書・作業報告書の発行に対応した業者を紹介しています。

確定申告の手順

ステップ1：必要書類を準備する

領収書、作業報告書、被害写真、修繕費の領収書を揃えます。業者への支払い時に「領収書をください」と伝えれば発行してもらえます。

ステップ2：雑損控除の計算をする

上記の計算式A・Bで控除額を算出します。国税庁の確定申告書等作成コーナーを使えば、金額を入力するだけで自動計算されるので便利です。

ステップ3：確定申告書を作成する

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（e-Tax）で作成するのが最も簡単です。雑損控除の欄に金額を入力し、明細書を添付します。

ステップ4：申告書を提出する

e-Taxでオンライン提出するか、税務署に郵送または持参します。申告期限は翌年の2月16日〜3月15日です。過去5年以内の被害なら、還付申告として期限後でも提出可能です。

ステップ5：還付金を受け取る

申告後、通常1〜2ヶ月で指定口座に還付金が振り込まれます。e-Taxで提出した場合は、3週間程度で振り込まれることもあります。

給与所得者（会社員）が雑損控除で還付申告する手順

「雑損控除は自営業者や不動産オーナーだけのもの」と思っている方もいますが、給与所得者（会社員・パート・アルバイト含む）でも雑損控除は利用できます。

給与所得者の場合、年末調整では雑損控除を申告できないため、確定申告（還付申告）で手続きします。還付申告は確定申告期間を過ぎた後でも申告できます。なお、過去数年分の費用をさかのぼって申告したい場合は、後述のFAQ「数年前に支払った駆除費用も申告できる？」をご覧ください。

必要書類

• 源泉徴収票（勤務先から受け取ったもの）
• 駆除業者・修繕業者への領収書（原本）
• 被害の状況を確認できる書類（写真・見積書なども保管しておくと安心です）
• 申告書第一表・第二表（雑損控除の欄に記入）

申告の流れ（e-Tax）

1. 国税庁の確定申告書等作成コーナーにアクセス
2. 「所得税の確定申告書」を選択し、給与所得・雑損控除の情報を入力
3. 雑損控除の欄に「損害金額」「保険金等の補填額」「差引損失額」を記入
4. e-Taxで送信、または印刷して税務署へ郵送・持参

税務署窓口での申告

e-Taxが難しい場合は、管轄の税務署の確定申告相談窓口を利用できます。領収書と源泉徴収票を持参すると、担当者が記入をサポートしてくれます（混雑期は予約が必要なケースもあります）。

控除額の計算や記入内容の判断に迷う場合は、税理士または税務署にご相談ください。

なお、賃貸住宅で害獣被害が発生した場合は、費用負担の考え方が自宅とは異なります。詳しくは賃貸住宅での費用負担と確定申告の関係をご覧ください。

補助金・保険金を受け取った場合の雑損控除の計算

害獣駆除の費用を雑損控除で申告する際、自治体の補助金や火災保険金を受け取っている場合は、その補填額を差し引いた上で控除額を計算する必要があります。知らずに申告すると誤りとなる可能性があるため、この点を整理しておきましょう。

保険金・補助金を受け取ると控除額はどう変わる？

国税庁タックスアンサーNo.1110によると、雑損控除の控除額は次の計算式のいずれか大きい方を使います。

計算式（どちらか大きい方が控除額）:

• (1) （損害金額 + 災害等関連支出 − 保険金・補助金等による補填額） − 総所得金額等 × 10%
• (2) （災害関連支出 − 保険金・補助金等による補填額） − 5万円

ここで重要なのは、「保険金・補助金等による補填額」を損害金額から差し引く点です。補填を受けた分だけ、控除の対象となる損害額が小さくなります。

計算式に当てはめてみる（参考例）

以下はあくまで参考例です。実際の控除額は個々の状況によって異なります。

仮の設定例（数字はすべて架空です）：

• 害獣駆除・修繕費用の合計（損害金額）：30万円
• 自治体補助金による補填：5万円
• 火災保険金による補填：10万円
• 給与所得（総所得金額等）：400万円

計算式(1) を当てはめると：（30万円 − 5万円 − 10万円） − 400万円 × 10% = 15万円 − 40万円 = △25万円 → この計算では控除額ゼロ

計算式(2) を当てはめると：（30万円 − 5万円 − 10万円） − 5万円 = 15万円 − 5万円 = 10万円

この場合、(2)の方が大きいため、控除額は10万円が目安となります。

ただし、この例はあくまで計算の仕組みを説明するための参考例です。駆除費用の内訳、補助金の性質、総所得金額等の算出方法などによって実際の数字は大きく変わります。具体的な控除額の計算は、税理士または最寄りの税務署にご確認ください。

補助金を受け取った年と申告する年がずれる場合

駆除業者への支払いと自治体補助金の入金が異なる年度にまたがることがあります。この場合の取り扱いは次の通りです。

• 補助金の入金が駆除費用の支払いと同じ年度の場合：その年の確定申告で、補填額を差し引いた額をもとに控除を計算します。
• 補助金の入金が翌年以降になる場合：補助金受給前の年度に一旦申告し、補助金を受け取った年に修正申告が必要になるケースがあります。タイミングについては申告前に税務署に確認することをおすすめします。

自治体補助金の申請タイミングと申告年度の関係は複雑なため、不明な点は早めに税務署または税理士に相談してください。

もっと詳しく知りたい方へ

• 火災保険で補填されたケースの詳しい手続き：火災保険が使えるケースと確定申告への影響
• 自治体補助金の一覧と申請手順
• 害獣被害で通院した場合の医療費控除との切り分け

控除を受けるためのポイント

①領収書は必ず保管する

領収書がないと控除が認められません。業者への支払い時に必ず発行してもらいましょう。クレジットカードの明細だけでは不十分な場合があるため、正式な領収書を取得してください。

②被害状況を写真で記録する

フン、巣、建材の損傷など、被害の証拠を撮影しておきます。税務署から問い合わせがあった場合に必要です。駆除作業の前に撮影しておくことが重要です。

③作業報告書をもらう

業者の作業報告書は「害獣被害の駆除である」ことを証明する重要書類です。「予防ではなく実際の被害に対する駆除であること」が記載されていると、控除が認められやすくなります。

④控除しきれない場合は翌年に繰り越せる

雑損控除は最長3年間の繰り越しが可能です。1年で控除しきれない場合、翌年以降に持ち越せます。大規模な被害で修繕費が高額になった場合は、この制度を活用しましょう。

⑤火災保険の保険金は差し引く

害獣被害で火災保険が使えた場合、受け取った保険金は雑損控除の計算で差し引く必要があります。ただし、保険金でカバーされなかった自己負担分は控除の対象になります。

よくある質問（FAQ）

Q1：予防目的の駆除費用も控除できる？

原則としてできません。雑損控除は「被害が発生した場合の原状回復費用」が対象です。ただし、被害があった上での再発防止策（侵入口封鎖など）は控除対象になります。つまり、「駆除＋再発防止」のセットであれば、再発防止部分も含めて申告できる可能性が高いです。

Q2：シロアリ駆除も雑損控除の対象？

対象になります。シロアリによる被害は「害虫その他の生物による異常な災害」に該当し、駆除費用・修繕費用ともに雑損控除の対象です。国税庁のサイト（No.1110）にも明記されています。

Q3：いくらから確定申告すべき？

金額の下限はありませんが、駆除費用＋修繕費用が数万円以上であれば申告する価値があります。計算式Bの「災害関連支出−5万円」がプラスになれば控除が受けられます。駆除費用が5万円を超えていれば、申告する価値があると考えてよいでしょう。

Q4：年末調整で控除できる？

できません。雑損控除は年末調整では適用されないため、会社員でも確定申告が必要です。勤務先に申し出る必要はなく、個人で確定申告を行います。

Q5：害獣駆除の費用を「修繕費」と「雑費」のどちらで計上すべき？

建物の原状回復に関わる費用（侵入口の封鎖、天井裏の修繕など）は「修繕費」、駆除作業そのものの費用は「雑費」で計上するのが一般的です。1つの見積もりに両方が含まれている場合は、金額が大きい方の科目でまとめて計上しても問題ありません。迷った場合は税理士に確認することをおすすめします。

Q6：過去の害獣駆除費用も申告できる？

還付申告は、対象年の翌年1月1日から5年間提出が可能です。たとえば2025年に支払った駆除費用は、2030年12月31日まで申告できます。「当時は知らなかった」という場合でも、領収書が残っていれば申告可能です。

Q7：賃貸住宅の場合、入居者が確定申告できる？

原則として、賃貸物件の害獣駆除費用は大家（オーナー）の負担です。そのため、入居者が自費で駆除した場合でも、雑損控除の対象になる可能性は低いです。まずは大家や管理会社に連絡し、費用負担について確認しましょう。

Q8：害獣駆除費用の領収書を紛失した場合、確定申告できる？

A：原則として領収書がないと控除・経費計上は難しいです。ただし、業者に再発行を依頼できる場合が多いので、まず連絡してください。クレジットカード明細・銀行振込記録・施工報告書などの補助資料があれば、税務署に事情を説明することで認められるケースもあります。次回からは電子帳簿保存法に対応したスキャン保存（PDF化）を推奨します。

Q9：副業で個人事業主登録している場合、自宅の害獣駆除費用は経費にできる？

A：副業として開業届を出している場合、自宅の事業使用割合（家事按分）に応じて経費計上できます。たとえば自宅の20%を仕事スペースとして使っていれば、駆除費用20万円のうち4万円が必要経費、残り16万円が雑損控除の対象（自己使用分）として扱える可能性があります。家事按分の根拠（部屋の面積比、使用時間比など）を残しておくと税務調査時に安心です。

Q：数年前に支払った害獣駆除費用も申告できる？

A：支払いから5年以内であれば、還付申告として申告できる可能性があります。

通常の確定申告（3月15日締め切り）を逃した場合でも、雑損控除は「還付申告」として、駆除費用を支払った年の翌年1月1日から5年間さかのぼって申告できます（所得税法第122条）。

たとえば、2022年（令和4年）に支払った駆除費用は、2027年（令和9年）12月31日まで申告が可能です。

過去の費用を申告する手順

1. 申告対象年を確認する：領収書の日付で支払い年を確認します。領収書がない場合は、振込記録や業者への問い合わせで代替書類を準備します。
2. 申告対象年の源泉徴収票を用意する：過去分の源泉徴収票は、勤務先（または退職した場合は前の勤務先）に再発行を依頼できます。
3. 申告対象年の確定申告書を作成する：国税庁の確定申告書等作成コーナーで、対象年を選んで作成します。
4. 税務署に提出する：e-Tax送信または郵送・窓口持参で提出します。

過去の申告で申告漏れがあった場合（一度申告したが雑損控除を書き忘れた場合）は「更正の請求」という手続きも別途あります。どちらの手続きが適切かは、税務署または税理士にご確認ください。

まとめ

害獣駆除の費用は、確定申告で税金の還付を受けられる可能性があります。

• 会社員 → 雑損控除で所得控除を受けられる
• 個人事業主 → 事業割合に応じて必要経費＋残りを雑損控除
• 法人 → 「修繕費」「雑費」などの勘定科目で全額経費計上

勘定科目の選び方は、建物の修繕に関わる費用は「修繕費」、駆除作業費用は「雑費」または「外注費」を使うのが一般的です。

コウモリ・ネズミ・イタチ・シロアリなど、動物の種類を問わず害獣・害虫被害の駆除費用は雑損控除の対象になります。

控除を確実に受けるために押さえておくべきポイントは以下の3つです。

1. 領収書の保管（「害獣駆除費用」と明記してもらう）
2. 被害写真の記録（駆除前に撮影）
3. 作業報告書の取得（被害の事実を証明）

業者に依頼する際は、これらの書類発行に対応している業者を選びましょう。害獣駆除業者おすすめ5選では、書類対応もスムーズな信頼できる業者を紹介しています。

なお、個別の税務判断については、必ず税理士や最寄りの税務署にご確認ください。国税庁の相談窓口（タックスアンサー）でも、電話やチャットで無料相談が可能です。

あわせて読みたい関連記事

• コウモリ駆除費用の実例（雑損控除対象）